En 1988, les Clean se sont réunis pour se produire à Londres, ce qui a donné lieu à la In-A-Live EP, qui présente cinq de leurs chansons classiques en son 16 pistes; la même année, la musique de Clean est officiellement arrivée aux États-Unis sous la forme d’une collection intitulée Compilation, sorti via Homestead Records du futur fondateur du label Matador, Gerard Cosloy. Complété par deux tournées mondiales, la deuxième phase de The Clean a également donné naissance à leur premier véritable album, les années 1990. Véhicule (publié via Flying Nun en partenariat avec le fidèle indie britannique Rough Trade), avant que les choses ne s’effondrent à nouveau. Plus tard dans la décennie, les Clean se sont réunis pour une nouvelle paire d’albums – 1995 Rock moderne et 1996 Pays inconnu– avant une nouvelle pause.
Au moment où le trio s’est réuni à nouveau, en 2000, l’influence de Clean sur une nouvelle génération de groupes largement américains – dont Pavement, Galaxie 500 et Guided by Voices – était claire. Leur album l’année suivante, Va-t-en, est sorti sur Merge, le label indépendant américain fondé par Mac McCaughan et Laura Ballance de Superchunk ; Georgia Hubley et Ira Kaplan de Yo La Tengo ont également participé aux chansons « Alpine Madness » et « Circle Canyon ». Flying Nun et Merge ont publié conjointement la carrière couvrant Anthologie en 2003, et le Clean a suivi avec le nouvel album studio Monsieur Pop en 2009. Le tremblement de terre dévastateur de 2011 en Nouvelle-Zélande a fait échouer les plans d’un autre long métrage potentiel, mais les Clean ont continué à jouer les années suivantes, aussi sporadiquement que jamais.
En dehors du Clean, Hamish Kilgour a joué dans un éventail de projets. Pendant la première pause de Clean, lui et David se sont associés en tant que Great Unwashed pour Flying Nun en 1983 – publié Nettoyons nos esprits; quelques années plus tard, pendant une autre période de jachère pour le Clean, Hamish Kilgour a cofondé le groupe de space-rock Bailter Space. En 1991, il a déménagé à New York et a formé le projet de longue date The Mad Scene avec son ex-femme, Lisa Siegel, sortant leur propre série d’albums discrets (1993’s Un voyage à travers Monsterland; 1995 Lumière marine; 1996 Miel chinois; et Sonic Boom en 2012, produit Spot) et divers EP. Kilgour a finalement fait ses débuts en solo en 2014 avec Tout et Rien. Quatre ans plus tard, il sort Finklesteinbasé sur une histoire pour enfants qu’il a inventée pour son fils.
En 1992, Kilgour a remporté un Aotearoa Music Award en Nouvelle-Zélande pour la couverture de l’album de l’année pour la compilation Flying Nun Soucoupes volantes roses au-dessus des Alpes du Sud. En 2017, les Clean ont été intronisés au New Zealand Music Hall of Fame. Peter Gutteridge, un autre membre fondateur du Clean, est décédé en 2014.